Η ανάγκη για τη δημιουργία ενός ανώτατου εκπαιδευτικού ιδρύματος στην Κρήτη είχε προκύψει από νωρίς· γεωγραφικοί και δημογραφικοί λόγοι επέβαλαν να λειτουργήσει εδώ το τρίτο ελληνικό πανεπιστήμιο, ποικίλες όμως αιτίες καθυστέρησαν τη δημιουργία του. Το ιδρυτικό διάταγμα δημοσιεύτηκε το 1973. Έδρα του Πανεπιστημίου ορίστηκε το Ρέθυμνο, όπου αποφασίστηκε να παραμείνει η ενιαία ακόμα τότε Φιλοσοφική Σχολή και να εγκατασταθεί στο Ηράκλειο η Σχολή Θετικών Επιστημών.
Η χρονική συγκυρία της δημιουργίας του Πανεπιστημίου Κρήτης στάθηκε ιδιαίτερα θετική· η κοινωνία διέθετε τη βούληση και τις δυνάμεις να ανανεωθεί. Έτσι, το πανεπιστήμιο προχώρησε από την πρώτη στιγμή σε καινοτομίες και σε γόνιμους πειραματισμούς. Το Πανεπιστήμιο Κρήτης ευτύχησε από την αρχή να στελεχωθεί με καταξιωμένους επιστήμονες, πολλοί από τους οποίους ήρθαν από ευρωπαϊκά και αμερικανικά ιδρύματα, όπου ήδη απολάμβαναν τη διεθνή αναγνώριση. Οι πρώτοι καθηγητές που ανέλαβαν να οργανώσουν το Πανεπιστήμιο, αλλά και οι επόμενες γενιές, έδωσαν ιδιαίτερη σημασία στη διαμόρφωση ευνοϊκών συνθηκών για την καλλιέργεια της έρευνας, τόσο εντός του Πανεπιστημίου, όσο και σε σύνδεση με ερευνητικά κέντρα.
Οι πρώτοι φοιτητές εισήχθησαν το 1977-78. Τη χρονιά εκείνη λειτούργησε το Τμήμα Μαθηματικών στο Ηράκλειο, με ογδόντα πρωτοετείς φοιτητές και η, ενιαία ακόμη τότε, Φιλοσοφική Σχολή στο Ρέθυμνο με εκατόν σαράντα περίπου φοιτητές.
Σήμερα στο Πανεπιστήμιο Κρήτης λειτουργούν πέντε Σχολές (Φιλοσοφική, Κοινωνικών Οικονομικών και Πολιτικών Επιστημών, Επιστημών Αγωγής, Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών, και Επιστημών Υγείας), με δεκαέξι Τμήματα που καλύπτουν έναν ευρύτατο επιστημονικό χώρο. Σε αυτό φοιτούν 17.761 προπτυχιακοί φοιτητές, 1.404 μεταπτυχιακοί φοιτητές και 1.256 υποψήφιοι διδάκτορες. Το διδακτικό προσωπικό του αποτελείται από 568 διδάσκοντες και μέλη του ειδικού εκπαιδευτικού & εργαστηριακού διδακτικού προσωπικού. Οι ακαδημαϊκές και ερευνητικές λειτουργίες του υποστηρίζονται από 327 μέλη διοικητικού και ειδικού τεχνικού & εργαστηριακού προσωπικού.
Το Πανεπιστήμιο Κρήτης διαθέτει μία πλούσια και εξαιρετικά οργανωμένη Βιβλιοθήκη, Μουσείο Φυσικής Ιστορίας, Αστεροσκοπείο, πολλά Ερευνητικά Εργαστήρια ενσωματωμένα στα τμήματα, ενώ διατηρεί στενές σχέσεις με το Ινστιτούτο Τεχνολογίας και Έρευνας και το Ελληνικό Κέντρο Θαλάσσιων Ερευνών, καθώς και δεσμούς με πολλά πανεπιστήμια και ερευνητικά ιδρύματα άλλων χωρών.
Οι αξιολογήσεις του εκπαιδευτικού και του ερευνητικού έργου του Πανεπιστημίου Κρήτης από ανεξάρτητες αρχές και η σταδιοδρομία των αποφοίτων του αποδεικνύουν την ποιότητα της ακαδημαϊκής του λειτουργίας. Το Πανεπιστήμιο Κρήτης, ένα πανεπιστήμιο της ελληνικής περιφέρειας, έχει σημαντική θέση στο στερέωμα της ευρωπαϊκής έρευνας και της διεθνούς επιστημονικής κοινότητας έχοντας πάντοτε στέρεους δεσμούς με τον τόπο που το φιλοξενεί και την ελληνική κοινωνία.
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης (Π.Τ.Π.Ε.) άρχισε να λειτουργεί κατά το ακαδημαϊκό έτος 1987-1988 με την επωνυμία «Παιδαγωγικό Τμήμα Νηπιαγωγών». Ιδρύθηκε με τον Ν. 1268/1982, άρθρο 46, παρ. 1 και το Π.Δ. 320/1983, άρθρο 1, παρ. 2 (Φ.Ε.Κ. 116/7-9-1983, τ. Α΄). Από το ακαδημαϊκό έτος 1995-1996 εντάχθηκε μαζί με το Π.Τ.Δ.Ε. του Πανεπιστημίου Κρήτης στη νεοϊδρυθείσα τότε «Σχολή Επιστημών Αγωγής» του Πανεπιστημίου Κρήτης (Π.Δ. 2/1995, Φ.Ε.Κ. 1/10-1-1995, τ. Α΄). Το 2001 μετονομάστηκε σε Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης «χωρίς μεταβολή του γνωστικού του αντικειμένου» (Π.Δ. 318/2001, άρθρο 1, Φ.Ε.Κ. 217/18-9-2001, τ. Α΄).
Από το ακαδημαϊκό έτος 1994-95 άρχισε να λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στις Επιστήμες της Αγωγής που οδηγεί στην απονομή Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης σε συγκεκριμένες κάθε φορά επιστημονικές περιοχές, καθώς και στην απονομή Διδακτορικού Διπλώματος. Το Πρόγραμμα αυτό αναδιαρθρώθηκε το 2000 και το 2006.
Κατά το ακαδημαϊκό έτος 1998-99 ιδρύθηκε και λειτουργεί, ενταγμένο στο Π.Τ.Π.Ε., το Διδασκαλείο Νηπιαγωγών Κρήτης (Π.Δ. 128/1998, Φ.Ε.Κ. 104/15-5-1998) που έχει στόχο τη μετεκπαίδευση των νηπιαγωγών που υπηρετούν στην Πρωτοβάθμια Εκπαίδευση.